Η θεματογραφία της μόνιμης συλλογής περιλαμβάνει ιστορική ζωγραφική, πορτρέτο, αρχαιότητα, ηθογραφία, συμβολισμό, υπαιθρισμό, προβληματισμούς γύρω από το ελληνικό φως και την ελληνικότητα, αφαιρετική και αφηρημένη τέχνη. Οι επισκέπτες, έχουν την ευκαιρία να θαυμάσουν ογδόντα δύο έργα, ζωγραφικά και γλυπτά, σημαντικών ελλήνων καλλιτεχνών: Βρυζάκη, Δρόση, Κουνελάκη, Χαλεπά, Λύτρα, Γύζη, Βολανάκη, Ιακωβίδη, Παρθένη, Δημητριάδη, Μαλέα, Νίκου Λύτρα, Παπαλουκά, Οικονόμου, Μπουζιάνη, Τριανταφυλλίδη, Γουναρόπουλου, Κόντογλου, Θεόφιλου, Τσαρούχη, Διαμαντόπουλου, Μόραλη, Αβραμίδη, Καπράλου, Σπυρόπουλου, Στάμου, Ευθυμιάδη – Μενεγάκη, Μυταρά, Φασιανού, Γαΐτη.
Στην πινακοθήκη επίσης εκτίθενται δεκατέσσερις ελαιογραφίες δυτικοευρωπαίων ζωγράφων από τις τελευταίες δεκαετίες του δέκατου έκτου έως τις αρχές του εικοστού αιώνα – δωρεά του Ιωάννη Κουμάνταρου. Η Κουμαντάρειος Πινακοθήκη φιλοξενεί, συχνά και περιοδικές εκθέσεις της Εθνικής Πινακοθήκης με σκοπό τη γνωριμία του κοινού με τη νεοελληνική ζωγραφική, καθώς και εκπαιδευτικά προγράμματα που απευθύνονται στους μαθητές/μαθήτριες όλων των βαθμίδων της εκπαίδευσης και σε ειδικές ομάδες κοινού.