Η περιοχή του Πάρνωνα κρύβει και αυτή έναν ανεκτίμητο χλωριδικό πλούτο. Η γεωλογική ιστορία της, οι ιδιόμορφες κλιματικές συνθήκες και ο έντονος διαμελισμός της σε πολλές κορυφές, χαράδρες, ορθοπλαγιές, χείμαρρους κλπ., έχουν δημιουργήσει μία εντυπωσιακή ποικιλία οικολογικών συνθηκών, ιδανικών για την ανάπτυξη πολλών και διαφορετικών φυτών. Τα δάση του Πάρνωνα σχηματίζονται από τρία είδη κωνοφόρων: την κεφαλληνιακή ελάτη (abies cephalonica), τη μαύρη πεύκη (pinus nigra) και το σπάνιο δενδρόκεδρο (juniperus drupacea), καθώς και από βελανιδιές, πλατάνια και χαρουπιές. Ένα προϊόν που βρίσκεται σε μεγάλη αφθονία στο βουνό είναι το τσάι και τα μαρτίνια (μανιτάρια). Επίσης υπάρχουν πολλές κερασιές, καρυδιές, συκιές και αμπελώνες. Στον Πάρνωνα δεν έχει γίνει ακόμα πλήρης και συστηματική καταγραφή των φυτών του. Μέχρι στιγμής, από τα στοιχεία που έχουν συγκεντρωθεί από πανεπιστημιακές έρευνες, έχει σχηματιστεί ένας κατάλογος με περισσότερα από 900-1.000 είδη και υποείδη φυτών. Ανάμεσα στα φυτά του Πάρνωνα υπάρχουν πολυάριθμα κοινά είδη, αλλά και πολλά σπάνια.
Συνολικά έχουν καταγραφεί και αναγνωριστεί μέχρι σήμερα 113 σπάνια φυτά, μερικά από τα οποία είναι μοναδικά στον ευρωπαϊκό χώρο, όπως τα τοπικά ενδημικά του Πάρνωνα και ορισμένα σπάνια ασιατικά είδη. Άλλα είναι πάλι ενδημικά μόνο της Νότιας Πελοποννήσου ή της Ελλάδας γενικότερα. Στον Πάρνωνα έχουν καταγραφεί μέχρι σήμερα 69 είδη και υποείδη που είναι ενδημικά της Πελοποννήσου με κάπως ευρεία εξάπλωση ή ενδημικά της Ελλάδας. Έχουν καταγραφεί 11 σπάνια είδη και υποείδη, με σημαντικότερα το δενδρόκεδρο και το θάλικτρο το ανατολικό. Επίσης, σπάνια είδη είναι ο αστράγαλος ο γαλακτώδης, το ηλιάνθεμο των Απεννίνων, ο ίταμος, κ.α. Ως τοπικά ενδημικά του Πάρνωνα χαρακτηρίζονται τα φυτά που δεν υπάρχουν σε κανένα άλλο μέρος του κόσμου εκτός από την οροσειρά του Πάρνωνα όπως : ο Αγριοπανσές του Πάρνωνα (Viola parnonia), η Ασπερούλα της Ελώνης (Asperula elonea),η Ασπερούλα του Μαλεβού (Asperula malevonensis), ο Αστράγαλος του Αγρανιώτη (Astragalus agraniotii) η Κενταύρια η λακωνική (Centaurea laconica), η Κενταύρια του Πάρνωνα (Centaurea athoa ssp. parnonia), το Κυκλάμινο το πελοποννησιακό, τοπική ποικιλία του Πάρνωνα (Cyclamen repandum ssp. peloponnesiacum var. vividum) κ.α.